Podobne skupienia można znaleźć krótko przed kwitnieniem na dolnej stronie liści. Są one wówczas czarnobrązowe i zawsze zarośnięte epidermą liścia. Żyto często ulega porażeniu jesiennemu, które może pogarszać zimowanie. Grzyby rdzy zmniejszają fotosyntezę i podwyższają oddychanie i parowanie. W ten sposób bardzo silnie pogarszają one rozwój rośliny.

Znaczenie i występowanie rdzy brunatnej rośnie wskutek dużej intensywności uprawy i wielkopowierzchniowej uprawy podatnych odmian. Wzmożonemu występowaniu sprzyjają wyższe temperatury w połączeniu z wysokim nawożeniem N i dużą ilością rosy.

Wzmożone występowanie:

łagodna pogoda jesienią i zimą,
ciepła i wilgotna wiosna,
występowanie rdzy w poprzednim roku,
uprawa podatnych odmian,
dobre przetrwanie lata na osypanym ziarnie zbóż i trawach.

Agrotechniczne działania zapobiegawcze:

osypane ziarno zniszczyć we właściwym czasie przez uprawę roli,
uprawa mniej podatnych odmian,
zboża ozime wysiewać niezbyt wcześnie, natomiast jare wcześnie.

Ze wzgledu na podobne zabarwienie istnieje możliwość pomylenia rdzy brunatnej pszenicy i żyta z rdzą żółtą, jednak w przypadku tej drugiej skupienia grzyba rozmieszczone są pasami.